Итоги квалификации к Гран При Японии определила погода. Все утро на Cузуке шел дождь, но часа за два до квалификации он перестал. Первая половина квалификационной сессии прошла по еще влажному, но постепенно подсыхающему асфальту. Лужи на трассе все же вызвали несколько ошибок — свои круги не смогли закончить Тьягу Монтейру (Jordan) и Ярно Трулли (Toyota) — но в целом результаты пилотов постепенно росли.
Однако во второй половине сессии вновь припустил дождь, который свел на нет усилия всех ведущих гонщиков пелетона. Лидер Ferrari Михаэль Шумахер, новый чемпион мира Фернандо Алонсо из Renault, оба пилота МакЛарена будут вынуждены стартовать из хвоста второй десятки. Ливень был настолько силен, что Хуан-Пабло Монтойя, квалифицировавшийся последним, даже не стал заканчивать свой быстрый круг.
В этой ситуации больше всех повезло гонщику Тойоты Ральфу Шумахеру и пилоту команды BAR Honda Дженсону Баттону — оба прошли свои быстрые круги перед самым дождем, по максимально подсохшей трассе. Немец оказался несколько быстрее и принес Тойоте ее второй в этом году поул на домашнем Гран При.
Третьим стал гощик Renault Джанкарло Физикелла. Итальянец начал свою квалификационную попытку быстрее Ральфа Шумахера, но именно в этот момент над Сузукой снова пошел дождь, и конец круга у итальянца оказался испорчен.
| Сузука: результаты квалификации | ||||
| Место | Гонщик | Команда/мотор | Шины | Время |
| 1. | Р. Шумахер | Toyota | М | 1:46.106 |
| 2. | Дж. Баттон | BAR Honda | М | 1:46.141 |
| 3. | Дж. Физикелла | Renault | М | 1:46.276 |
| 4. | К. Клин | Red Bull Coswort | М | 1:46.464 |
| 5. | Т. Сато | BAR Honda | М | 1:46.841 |
| 6. | Д. Култхард | Red Bull Coswort | М | 1:46.892 |
| 7. | М. Уэббер | Williams BMW | М | 1:47.233 |
| 8. | Ж. Вильнев | Sauber Petronas | М | 1:47.440 |
| 9. | Ф. Масса | Sauber Petronas | М | 1:48.211 |
| 10. | Р. Баррикелло | Ferrari | В | 1:48.248 |
| 11. | Н. Картикеян | Jordan Toyota | В | 1:48.718 |
| 12. | А. Пиццонья | Williams BMW | М | 1:48.898 |
| 13. | К. Альберс | Minardi Cosworth | М | 1:50.843 |
| 14. | М. Шумахер | Ferrari | В | 1:52.676 |
| 15. | Р. Доорнбос | Minardi Сosworth | В | 1:52.894 |
| 16. | Ф. Алонсо | Renault | М | 1:54.667 |
| 17. | К. Райкконен | McLaren Mercedes | М | 2:02.309 |
| 18. | Т. Монтейру | Jordan-Toyota | В | — |
| 19. | Я. Трулли | Toyota | М | — |
| 20. | Х.-П. Монтойя | McLaren Mercedes | М | — |